As fissuras lábio palatinas são malformações de causa não definida e frequentemente ocorrem isoladas, isto é, não são acompanhadas de outras alterações ou síndromes neurológicas. Por isso, a maioria das crianças se desenvolve muito bem nos aspectos social, escolar e familiar. A maioria das crianças portadora de fissura palatina tem problemas com fluidos atrás da membrana do tímpano e/ou com infecções auditivas. Isto é porque a tuba de Eustáquio que liga a orelha média à boca não executa sua função de drenagem corretamente, permitindo o acúmulo de fluidos na orelha média. Este fluido é ambiente para a procriação de bactérias que causam infecções. Algumas vezes é necessária cirurgia para a colocação de tubos de drenagem nos tímpanos até a correção da fissura palatina.